非氧化型殺生劑對微生物有很強的殺生能力，但加入冷卻水系統殺生之后仍含有一定未反應的殘余量，尚存一定余毒。這些殘余殺生劑通過排污進入江河之后會對自然水體造成污染。為保護環境，排污水中的含毒量需符合國家對排污水的規定。因而在選用某種殺生劑時需了解其毒性。

毒性物質排入水體之后直接危害水生生物，可能造成水生生物死亡或漁業減產。故需進行水體污染魚類毒性試驗。非氧化型殺生劑均需作魚類急性中毒試驗，測定藥劑的LC50值，必要時作魚類慢性中毒試驗。

排入水體的殘余殺生劑還會或間接危害牲畜及人類。牲畜一般直接飲用地面水，某些地區的居民也可能直接飲用未處理的江河水。故還需進行殺生劑的動物毒性試驗，測定藥劑的LD50值。

 以上毒性試驗多由藥劑研制單位委托具有毒性試驗能力的科研單位進行。使用單位需了解殺生劑的毒性數據之后再用于冷卻水系統.